Alors que les films de l'ère Millennium ne suivaient jusqu'alors aucune continuité entre eux, chacun se voulant une suite directe au premier "Godzilla", Tokyo SOS est la suite directe des événements de "Godzilla X MechaGodzilla", durant lequel Kiryu avait fini par vaincre et repousser le monstre blessé. Malgré quelques dysfonctionnements pendant le premier affrontement, durant lequel le monstre biomécanique était devenu incontrôlable et avait refusé d'attaquer Godzilla, les japonais le réparent afin de disposer de leur seule arme efficace contre les monstres. Un sacrilège aux yeux de Mothra, souhaitant que les os du premier Godzilla soient laissés en paix. Si cette idée de départ est particulièrement alléchante, avec la promesse de voir un Mothra ennemi de l'humanité (le film rappelle qu'en 1961, l'insecte titanesque détruisait Tokyo dans le bien nommé "Mothra"), elle ne sera jamais véritablement exploitée, Mothra et ses larves se contentant au final d'affronter Godzilla sans jamais être menaçants pour les hommes, à l'exception peut-être de la superbe premiere scène.

Il faut dire aussi que, contrairement au film précédent, ce Tokyo SOS ne va pas laisser beaucoup de place aux relations entre personnages et aux préoccupations des héros, mais va au contraire faire la part belle aux monstres : dès la 30ème minute, Godzilla attaque Tokyo, et dès la 40ème, Mothra intervient afin de lancer un affrontement qui ne se terminera qu'à la fin du film ! Evidemment, nous n'assisterons pas à une heure de combats ininterrompus, puisque le tout sera entrecoupé de quelques passages héroïques des humains et de quelques séquences de discussion. Une telle longueur va cependant se heurter à un flagrant manque d'imagination : on a finalement l'impression d'être devant un mélange des combats issus de "Mothra contre Godzilla" et de "Godzilla X MechaGodzilla", les affrontements se déroulant de la même façon...Tezuka va même jusqu'à singer certains plans de son précédent film, l'image de Mothra volant devant le soleil renvoyant directement à celle de Kiryu devant la lune. De même, apparemment marqué par le plan montrant Godzilla arriver à New York dans le remake américain, le réalisateur japonais nous le case dans chacun de ces deux films...

Un long combat décevant qui parvient donc difficilement à camoufler le faible intérêt pour les personnages du film, là où GXMG s'en sortait bien mieux. Si l'un des personnages principaux est destiné à renvoyer à "Mothra", on finit rapidement par se demander l'intérêt d'une telle référence qui n'est jamais véritablement exploitée en dehors de ses retrouvailles avec les Shobijins. Bref, là où on sentait dans les films précédents des enjeux forts menés par des personnages charismatiques, Tokyo SOS peine à donner de l'intérêt aux relations humaines...

Avant dernier film de la saga Godzilla (pour le moment) avant "Godzilla : Final wars", Tokyo SOS met une nouvelle fois le monstre aux prises avec deux de ses ennemis intimes, Mothra et MechaGodzilla, et mise presque exclusivement sur les combats...et finit par lasser, pour devenir l'un des plus faibles depuis le retour du monstre en 1999. Un coup d'arrêt qui expliquera sans doute en partie la présence de Kitamura derrière la caméra pour le prochain film.