Des extraterrestres cherchent à envahir notre planète, et nous envoient un monstre géant, Wangmagwi, qui détruit tout sur son passage. Menée par Oh Jeong-hwan, l'aviation coréenne tente d'arrêter la créature, mais celle-ci enlève bientôt la fiancée de Oh Jeong-hwan...
L'agence crypto-zoologique Monarch doit faire face à une vague de monstres titanesques, comme Godzilla, Mothra, Rodan et surtout le redoutable roi Ghidorah à trois têtes. Un combat sans précédent entre ces créatures considérées jusque-là comme chimériques menace d'éclater...
Surgies des abysses, d'immenses créatures, les «Kaiju» s'en prennent aux constructions humaines. Leurs attaques se font de plus en plus nombreuses et épuisent les ressources de l'humanité, qui n'a plus comme seul recours que de riposter. Et ce sera en construisant d'immenses robots, les «Jaegers»...
Sur l'île de l'obélisque, un séisme fait s'écrouler une immense statue, ce qui révèle une grande caverne. Alors que les scientifiques l’explorent, ils découvrent un bébé reptile à l'intérieur. La créature est rapatriée au Japon où elle subit des tests divers...
Après un étrange incident dans la baie de Tokyo, une créature gigantesque apparaît et se dirige vers la capitale japonaise, plongeant la ville dans le chaos. Son nom : Godzilla.
Une prophétesse de Vénus arrive sur Terre et met en garde l'humanité contre l'imminence de catastrophes. Elle prévoit ainsi le retour de Rodan et de Godzilla, et prévient contre un danger bien plus grave: l'arrivée sur Terre du dragon à trois têtes King Ghidorah, qui a détruit sa planète natale...
A Okamidani, les bruits qui proviennent de la montagne sacrée font craindre que ne se réveille Majin, un esprit guerrier enfermé dans une statue de pierre. Alors que se déroule une cérémonie destinée à l'apaiser, Hanabusa, le seigneur des lieux, est attaqué et tué dans sa demeure...
Dans un petit village japonais, des morts étranges dans une mine inquiètent la population. Les autorités découvrent bientôt que des monstres en sont à l'origine, les Meganulons, sortes d'insectes-mollusques de taille humaine. Alors que les mineurs tentent d'échapper à ces monstres, un reptile géant s'éveille, bientôt rejoint par un second...
Les militaires japonais et américains travaillent ensemble dans le Pacifique sur une île japonaise possédant un lac salé, et tentent une expérience pour désaliniser l'eau. La technique utilisée réveille un monstre préhistorique, Varan, du plus long sommeil jamais observé...
Un génie du mal nommé le Dr Who a créé un robot, Mecani-Kong, afin de creuser pour un élément hautement radioactif appelé "élément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon...