Selon une vieille prophétie de la famille Asumi, lorsqu'une montagne noire apparaîtra dans le ciel, un monstre viendra pour détruire le monde. Mais lorsqu'une lune rouge se couchera, et que le soleil se lèvera à l'ouest, deux monstres…

Afin de combattre Godzilla, le United Nations Godzilla Countermeasures Center (UNGCC : Centre de défense anti-Godzilla des Nations Unies) est créé. Ils récupèrent les débris métalliques de Mecha-King Ghidorah afin de construire une arme ultime :…