Alors que les machines ont échoué dans leur mission de tuer John Connors, futur sauveur de l'humanité, elles décident de renvoyer un nouveau Terminator dans le présent afin de le tuer à nouveau. Celui-ci est bien plus performant que l'ancien modèle et il peut modeler son corps à sa guise, fondre, se rendre liquide ou dur comme l'acier...Mais dans le futur, les hommes ont réussi à programmer un ancien modèle de Terminator pour qu'il protège John Connors, maintenant adolescent, des assauts du T-1000. Sa mission est également de sauver la mère de John, détenue en hôpital psychiatrique après son combat contre le Terminator précédent. Celle-ci, voyant son fils accompagné de la machine destructrice, hésite à faire confiance au robot. Mais quand le petit groupe subit les assauts du T-1000, elle se rend à l'évidence. Qui d'autre que son ancien adversaire pourrait mieux protéger son fils ? Une lutte sans merci s'engage alors entre les deux machines...